Doğum kontrol hapı kullanımının polikistik over sendromunun tedavisinde yeri  yoktur. Özellikle 16 yaşından önce kullanılmamalıdır. Çünkü,  beyin (hipotalamus,hipofiz), yumurtalık ve rahim arasındaki  ilişki tam olarak olgunlaşmadan doğum kontrol hapı kullanılması beyin, yumurtalık ve rahim arasındaki iletişimin olgunlaşmasını engelleyebilir. Bu nedenle gerçek bir adet düzensizliğinin ortaya çıkması için 16 yaşına kadar beklenmelidir.

Diğer sakıncalı bir uygulama da uzun yıllar ara vermeden, kişinin doğal adet döngüsü bilinmeden, doğum kontrol hapı kullanılmasıdır. Uzun süre doğum kontrol hapı kullanımı kişinin doğal adet döngüsünü maskelemektedir. Bu kişiler çocuk sahibi olmak için doğum kontrol hapını kestiklerinde, aylarca yumurtlamadıkları ve adet olmadıkları gerçeğiyle karşılaşabilmektedirler. Çünkü, doğum kontrol hapı ile her ay düzenli görülen adet kanaması yumurta gelişimi ve yumurtlama olmadan oluşur ve gerçek bir adet kanaması değildir.